Keberadaan Akademi Teknologi Otomotif Muhammadiyah (ATOM) sejak tahun 1993 merupakan cikal bakal Fakultas Teknik dengan berdirinya Universitas Muhammadiyah Riau pada tahun 2008. Pendirian ATOM Pekanbaru dimulai atas prakarsa oleh beberapa dosen dan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Riau (PWM) sehingga pada tahun 1993 keluar SK Kemendikbud No. 90/D/O/1993 tanggal 23 Juli 1993 yang kemudian Menjadi cikal bakal berdirinya FT-UMRI.
Setelah mengalami perkembangan dengan berbagai tantangan dalam penyelenggaraannya selama 15 tahun, ATOM bersama Akademi Keuangan dan Perbankan (AKPM), dan Akademi Keperawatan (AKPER) Muhammadiyah, memperoleh persetujuan Mendiknas R.I. melalui Surat Keputusan Mendiknas RI No. 94/D/O/2008, tentang Pengembangan Program Studi di lingkungan Perguruan Tinggi Muhammadiyah Riau menjadi Universitas, yang diberi nama Universitas Muhammadiyah Riau (UMRI).
Pada awal terbentuknya, UMRI terdiri dari 5 Fakultas, yaitu Fakultas Teknik, Fakultas Ekonomi, Fakultas Matematika, Ilmu Pengetahuan Alam dan Kesehatan, Fakultas Komputer, serta Fakultas Ilmu Komunikasi.
Sejalan dengan pertumbuhan dan perkembangan UMRI, upaya-upaya berupa rintisan Fakultas Teknik UMRI semakin diintensifkan dengan memulai memprogramkan tenaga pengajar untuk studi lanjut S3, pembenahan manajemen, pengadaan peralatan laboratorium, hingga dengan penambahan program studi baru yakni Teknik Kimia (S1) pada tahun 2019 berdasarkan SK No. 974/KPT/I/2019. Hingga saat ini Fakultas Teknik UMRI telah memiliki 4 program studi, yaitu :